食品工廠病媒防治除須考量到產品的食安問題與並配合政府法規外，還需思慮工廠內部的產線運作與保全原物料不受到汙染，在防治專業和技術上的要求都必須具備最高水準，因此專業級以及有通過相關食品評鑑認證的病媒防治公司是最佳選擇。
食品工廠，顧名思義就是個大量生產食品的廠房，我國的衛生福利部也替食品工廠下了一個定義：係指具有工廠登記證之食品製造業者。俗話說的好：「有人的地方，就有江湖。而有食物的地方，就有病媒！」這樣專職食物生產的場所，更需要完整且專業的病媒防治工作。
如何做到食品工廠病媒防治？
食品工廠為了應付龐大的生產壓力，原物料的大量儲備與不間斷的食品生產，使得食品廠在運作時難免會飄散出食物的香氣，使得害蟲「聞香而來」，像是老鼠、蟑螂、蒼蠅、積穀害蟲……等都是令人厭惡的大饕客。當這群饕客進入廠區，基於食品工廠的建物結構與複雜產線，若沒有定期檢查就容易出現病媒死角，除了有食品安全的疑慮外，因而產生的客訴事件也將層出不窮。
原物料與產品的運輸過程中，也可能使害蟲隨著物料的載具移動，如紙箱、塑膠籃或棧板等。不論是將害蟲輸入廠區，抑或將害蟲隨著物品轉至客戶端或銷售端，都是食品工廠可能會遇到的問題。
於食品工廠實施病媒防治，須配合食品工廠的產線運作與食品種類，並根據目標廠區的整體環境與害蟲種類擬定防治計畫。食品工廠的防治必須採用病媒綜合防治法 (IPM)，利用物理和化學藥劑的防治、孳生源鑑定與移除、入侵點防堵等方面多管齊下，從而達到多效齊發的效果。
病媒防治四大原則
基於以上病媒防治四大原則，並分為三大防治方法：物理防治、生物防治、化學防治。
1. 物理防治
1. 環境衛生清潔
環境衛生可說是食品廠最基本的要求，在完成食品生產後，若是沒有適當的清潔，遺留下來的食物殘渣將會吸引大量的病媒前來取食。病媒多半是見不得光的，除了檯面上的髒污清除外，檯面下、牆角、夾縫處的清掃也是一大重點，並且需要時常針對眼角不易觸及之處進行盤檢，以免稍不留神，病媒已大量孳生。
2. 清除孳生源
當食品廠開始出現害蟲病媒，很有可能已經出現所謂的孳生源，必須盡快的判斷出孳生源的可能位置，並且立即清除以免持續孳生而到處汙染，最後還需防堵改善，以免孳生源再次復生。像是易孳生果蠅的廚餘、易繁殖煙甲蟲的乾料，都必須妥善加蓋收藏，避免直接暴露而轉變成害蟲繁殖的樂園。
3. 誘捕蟲鼠
於室外設置捕鼠站、鼠餌站以誘殺老鼠；於室內設置捕蟲燈以誘引迷途誤入的飛行性昆蟲……誘捕蟲鼠除了能達到減少病媒密度外，還能作為環境病媒活動頻率的監測，藉此做為防治計畫的擬定與執行。
2. 生物防治
1. 微生物
針對特定害蟲可使用微生物製劑做防治，像是廣為人知的「蘇力菌」就是一種微生物製劑，其特定亞種只會對特定蟲類產生毒性，對環境及人體沒有傷害性。
2. 天敵
在特定環境中也能藉由天敵防治害蟲，例如吃蟑螂的旯犽、吃蚊子的壁虎、吃孑孓的大肚魚/鬥魚等…等，利用食物鏈反制害蟲也是一種對環境無害的選擇。
3. 化學防治
1. 餌劑防治
利用對害蟲有良好適口性的食物混合化學藥劑製成所謂的餌劑，將該餌劑放置於病媒的爬行路徑、活動範圍、棲息處或庇護所，藉此引誘病媒前來取食而中毒身亡。
2. 殘效噴灑
將藥液以點、線、面之方式噴灑於害蟲爬行路徑、棲處或庇護所，使藥效殘留於施藥處一段時間，待害蟲行經施藥處時，腹部神經系統接觸到藥劑而中毒死亡。
3. 空間防治
將藥液利用機器加壓或風切成超微細狀態（10~50微米粒徑），將之噴灑於防治現場的空間中，使殺蟲劑漂浮瀰漫、擴散於整個空間，使害蟲飛行時接觸藥劑而中毒死亡。此法亦能搭配殘效噴灑，將藏匿於隙縫孔洞內之害蟲驅趕出來，增加害蟲接觸藥劑的機會。
病媒防治原則：了解食品工廠的病媒
每一間工廠的環境都不一樣，所在地區、周遭環境及廠內製造的產品、原料等各有不同，因此需要防治的項目也會有所不同，除了常見的蟑鼠問題外，在乾粉類原料多的工廠容易孳生積穀害蟲；在附近有稻田的工廠多有蚊蟲的問題；汙水池沒有妥善處理也容易有蛾蚋或飛蠅的問題。
因此針對個別工廠，必須由專人現場勘查，調查工廠內有那些病媒及孳生源，了解害蟲老鼠的入侵點，並依據工廠的需求與目標制訂專屬病媒防治計畫，按照防治計畫實施一段時間後，根據防治成果與指標觀測站做害蟲偵測，並視情況調整防治方法。
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